无菌均质器的使用是一个很重要的环节，我们在使用中需要注重使用的细节操作，我们在设计时，为了不让均质袋破裂，在其底部设计成镂空设计，在镂空设计的上方放置了水盘，如此一方面便于在均质袋意外破裂时，我们可方便的清洗，另一方面不会损害无菌均质器的其他重要元器件。所以在均质的过程中，如果发生意外破裂，请大家不要惊慌，只要将无菌均质器停止工作，替换均质袋，清洗完无菌均质器内部就行了。不可再无菌均质器运行中，强行将门打开，这是很危险的操作，如此会伤害到我们的手指。
　　我们在把样品装入无菌均质袋后，在放入无菌均质器之前要检查一下里面的托盘上下有没有异物。
　　无菌均质器对较坚硬的尖锐样品颗粒不可放入无菌均质袋内进行均质实验，如此的样品对均质袋是一种很大的伤害。
　　没有使用完的均质袋要放在没有阳光照射的房间里，阳光的照射，会让无菌均质器的均质袋的老化的过程比较快。